ジョイ一家と一緒に湖へ遊びに行く予定だったクリスだが、大おばのイソベルの家の手伝いを頼まれる。クリスは変わり者の大おばの家に行くことを渋っていた。スーパーブックはロビック、クリス、ジョイの3人を、聖書の世界にいるルツ、ナオミ、ボアズの元へ送る。ルツは夫を亡くしたあとも義母のナオミの元にとどまり、ナオミを献身的に支えた。ナオミの故郷ベツレヘムに到着したルツは、ボアズの畑で落ち穂を拾うが…。
クリスは友達ヴィアがヒンディー語しか話せないので意思疎通ができず困る。スーパーブックは3人をバベルの塔を建築中のシヌアルの地へ連れていく。そこで神は、一致団結すると驚くべきことを成し遂げる人間たちが慢心し過ちを犯すことを恐れ、塔を破壊し多数の言葉を作って人間を混乱させる。
次にスーパーブックは3人をキリスト復活から50日後のエルサレムに連れていく。そこでは…。
クリスは父親の指示に従わず安全手順を無視してロボットを組み立てようとして、暴走させてしまう。スーパーブックは3人を古代ヘブロンの、妻サラを亡くしたばかりのアブラハムの元に連れて行く。アブラハムは最年長の召し使いエリエゼルに、はるか遠くのメソポタミアのハランに行き神様に指示されたとおりにイサクの妻を探すように命じる。クリスは面倒な指示に従わず手っ取り早く花嫁を探そうとするが…。
ジョイはボランティアクラブの部長として、食べ物を寄付する活動のため準備をしていたが、自分ばっかり忙しいと不満を漏らす。スーパーブックは三人をシリヤのナアマンのもとへ連れて行く。皮膚の病気ツァラアトに冒されたナアマンに、召し使いの少女はイスラエルに病気を治せる預言者がいると告げる。ナアマンはイスラエルの王へたくさんの貢ぎ物を贈り、預言者エリシャに会いに行くことに…。
クリスは空き巣に入ったジェイソンが怪物に襲われる夢を見る。ジョイは夢を見たことに意味があるはずだと言う。スーパーブックは3人をシロの幼いサムエルの元に連れて行く。サムエルは神に呼ばれ、神に従い恩人の大祭司エリにつらい預言を伝える。次にスーパーブックは3人を成長したサムエルの元に連れて行く。ここでもサムエルは神に従い祈りをささげ、神はペリシテ人を追い払いイスラエルの民を助ける…。
クリス、ジョイ、ロビックが家に帰る途中、突然二人の少年に絡まれた。少年たちはクリスのギターを奪いモノレールに飛び乗る。クリスたちの目の前でギターを投げ、モノレールの窓を割りギターを壊してしまう。クリスは仕返しをたくらむ。スーパーブックは三人を大人になったダビデの元へ連れていく。久々に会うダビデは勇敢な指揮官となっていた。だが、いつかダビデに自分の地位を奪われることを恐れたサウル王が、ダビデの命を奪おうと何度も暗殺を企てていた・・・。
クリスはクロフォード先生にトッドとベンジーの科学の勉強を手伝うように頼まれるが、2人にバカにされて腹を立て、教室を出てしまう。スーパーブックは3人をエルサレムの城壁を修復するネヘミヤの元に連れて行く。ネヘミヤは嘲笑に負けず、妨害にも屈することなく民衆を率いて神様に課せられた城壁修復という仕事をやりとげ、各地に散っていた民を再びエルサレムに呼び戻す…。
ジョイが早食いをしている姿が、いつの間にかバーバラの携帯に保存されていた。バーバラは悪ふざけで動画を加工しインターネットに投稿。動画は世界中に拡散されてしまう。恥ずかしい気持ちでいっぱいのジョイ。仕返しに同級生の恥ずかしい動画を投稿しようとする。スーパーブックは3人を預言者エリシャのもとへ連れて行く。エリシャはイスラエルへの侵略を続けるシリヤ軍の兵士たちを盲目にする。シリア軍を打とうとするイスラエルの王だったが…。
ジョイはバスの出発時間に遅れ、エンゼルハウスの女の子マティーを遊園地に連れて行けなかった自分のタイミングの悪さに落胆。スーパーブックは3人をベタニヤのマルタ、マリア、ラザロのきょうだいの元に連れて行く。そこにイエスと弟子たちが訪れ、去った直後にラザロが病死する。イエスがいてくれたらラザロは死なずに済んだ、タイミングが悪かったと悲しむマルタとマリア…。
父親の研究成果を発表する展示会の準備で、最終確認の指揮を任せられたクリス。しかし展示会の目玉である磁気システムが誰かに盗まれてしまった。父親をがっかりさせてしまうと落ち込むクリス。スーパーブックは3人をソロモン王のいるエルサレムに連れて行く。ソロモンは国を治めるという大きな責任を抱えていたが、知恵を与え決断を導いてくださるよう主に祈ることで、困難を乗り越えてきた。ある日…。
ジョイはボランティアの仕事、科学フェアのプロジェクト、宿題、家の手伝い、チェロの練習など忙しすぎて頭を抱える。スーパーブックは3人をネブカデネザル王の補佐官ダニエルの元に連れて行く。王は夢の意味を知りたがるが、見た夢を言わないため誰も王の要求に応えられない。しかしダニエルは神に祈り、王の夢とその意味を教わって王をなだめ、王はユダヤ人とユダヤの神を信じる…。
クリス、ジョイ、ロビックは、近所の子どもチャーリーの子守の手伝いをしていた。ジョイはやんちゃなチャーリーに振り回される。チャーリーの面倒をみるのは自分には無理だと宣言する。スーパーブックは3人とチャーリーを聖書の世界に連れていく。たどりついた先で出会ったエリサベツは、長年子どもを望んでいたがその願いはかなうことなく、夫ザカリヤと二人暮らしをしていた。ある日ザカリヤが神殿で香をたくと天使が現れ、これから授かる子どもにヨハネと名付けるよう告げられるが…。
ピザ店にやってきたクリス、ロビック、ジョイ。1人の少女とその弟がピザも買わず、無料のケチャップを求めにやってきたのを目にする。クリスは2人の姉弟が何も食べるものがないのだと心配するが、自分たちが助ける必要はないと考えるジョイ。スーパーブックは3人をエルサレムの近くへ連れて行くと、イエスがある例え話をしている場に出くわす…。